運行形態などの全く異なる新線を敷設したことで、並行する在来の路線が廃止された例もある。大都市部では従来の路線に並行して別の事業者による地下鉄路線を敷設し、その路線に乗り入れる運行形態に変更して従来の路線を廃止する事例が見られる。この例としては、筑肥線（博多 - 姪浜間・福岡市地下鉄1号線乗り入れ）・京阪京津線（京津三条 - 御陵間・京都市営地下鉄東西線乗り入れ）・東急東横線（横浜 - 桜木町間・横浜高速鉄道みなとみらい21線乗り入れ）などが該当する。なお、名鉄小牧線（味鋺 - 上飯田間）は営業主体が変わらないため、上記の「線形の改良」にも分類できるが、建設主体は別であり事業種別も「第1種」から「第2種」へ変更されていることから、この分類に該当する。
これ以外の例としては、高規格・高速路線が並行区間・至近区間に開通したために在来路線が廃止された例も多々ある。例えば西大寺鉄道や赤穂鉄道は、国鉄赤穂線が開業したことにより廃止された。また、大阪市南部を走っていた南海平野線は、大阪市営地下鉄谷町線の天王寺 - 八尾南間開通に伴い大部分が並行区間となるため廃止された。長野新幹線（北陸新幹線）の開業で廃止された、並行在来線である信越本線の横川 - 軽井沢間も広い意味ではこれに当てはまる。
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箕面温泉の箕面鋼索鉄道等、かつて日本国内の数箇所に存在した温泉旅館内のケーブルカーは、現在は鉄道営業法上の正式な「鉄道」扱いのものはすべて廃線になっているが、これは技術革新により長大なエレベーターやエスカレーターの設置が可能になったための廃線であるので、鉄道の新線に置き換わったわけではないものの、広い意味でこの例に含めるべきであろう。